Voilà trois semaines que l'agent Ethan Burke est arrivé à Wayward Pines, Idaho. Dans cette ville les habitants se voient assigner un logement, un travail et parfois même une personne pour partager leur vie pendant qu'à l'école, on apprend à leurs enfants que David Pilcher, le fondateur de la ville, est leur Dieu. Bien entendu, personne n'est autorisé à quitter la ville, cernée par une immense clôture électrifiée. Ethan, lui, a découvert ce qui rôde au-delà de l'enceinte qui isole Wayward Pines du monde extérieur. C'est précisément cette menace qui est maintenant sur le point de submerger la ville et peut-être même d'annihiler l'humanité toute entière.