En 2000, dans la petite ville de Morio, Koichi Hirose mène une vie tout ce qu'il y a de plus normale pour un lycéen. À la différence près qu'il se trouve être un ami intime du célèbre dessinateur Rohan Kishibe ! Un jour, ils tombent sur un chat ensanglanté et découvrent par la suite le cadavre d'une femme. Avec l'aide de Josuke Higashikata et Okuyasu Nijimura, ils mèneront l'enquête pour retrouver son meurtrier. En parallèle de ça, nous suivons Takuma Hasumi, un lycéen qui se révèlera plus qu'indispensable avec son Stand, « The Book », ou la capacité d'archiver tout ce qu'il voit et ressent dans un carnet en cuir...