Linus Baker mène une vie tranquille et solitaire. À quarante ans, il vit dans une petite maison avec un chat caractériel et ses vieux disques. En tant qu'agent du Ministère de la Jeunesse Magique, il doit s'assurer du bien-être des enfants dans les orphelinats supervisés par le gouvernement.
Mais lorsqu'il est convoqué de manière inattendue par les Cadres Extrêmement Supérieurs, il se voit confier une mission curieuse et hautement secrète : se rendre sur l'île de Marsyas dans un foyer où résident six dangereux pensionnaires.
Obligé de mettre ses craintes de côté afin de rédiger un rapport objectif sur l'établissement, Linus va vite comprendre que les enfants ne sont pas le seul secret que renferme l'île. Il devra également réussir à cerner le charmant et énigmatique directeur des lieux, Arthur Parnassus, qui fera tout pour défendre ses protégés.
À mesure qu'il découvre d'incroyables secrets et qu'il se rapproche d'Arthur, Linus va se retrouver confronté au plus difficile des choix : faire son devoir ou écouter son cœur.