Tokyo Alien Bros relate les aventures de deux extraterrestres dépêchés sur Terre dans le but d'évaluer la possibilité pour leur espèce de s'y établir. Sous les apparences d'étudiants ordinaires, répondant aux noms de Fuyunosuke et Natsutarô, ils portent un regard naïf sur la vie quotidienne et cherchent à interagir avec les habitants locaux, créant involontairement une série de quiproquos hilarants. En plus de cette mission, les deux 'frères' doivent apprendre à cohabiter : le plus jeune est un charmeur incorrigible débordant d'enthousiasme, tandis que l'aîné, malgré son air de fier-à-bras, est plutôt timide. Ils explorent les multiples mystères de leur nouvelle existence, allant des subtilités d'un rendez-vous amoureux au concept de deuil, du goût du thé aux réactions surprenantes de leur corps face à certaines nourritures. Tout cela, tout en veillant à ne jamais révéler leur véritable nature extraterrestre. Le scénario, empreint de science-fiction, dépasse le simple cadre comique pour utiliser les situations fantastiques comme un moyen de mettre en lumière les fragilités de ces héros aux corps sensibles, constamment menacés par les accidents du quotidien. Quelles conclusions ces visiteurs de l'espace vont-ils tirer de leurs observations, et comment réussiront-ils à préserver leur couverture ?