Cicatrices raconte une histoire d'amour entre deux collégiens, Kyonosuke et Akira, dans une petite ville de la campagne japonaise. Kyonosuke est un jeune garçon dont une partie du visage a subi une greffe de peau, et se voit traversée d'une importante cicatrice. Akira est une jeune fille trans de la même école. Kyonosuke fait face aux brimades de ses camarades tandis qu'Akira subit les coups de son père qui ne reconnaît pas son identité sexuelle. Leur rencontre et le début d'une relation amoureuse vont les amener à tenter de fuir cet environnement toxique. Mais sont-ils capables de s'accepter et d'accepter l'autre autant qu'ils le pensent ?