Dans un futur lointain où, après un grand conflit, toute la planète a été dévastée, l'armement militaire a été proscrit et le commandement donné à une autorité indépendante dans les six régions restantes. Dans l'une de ces régions, la cité N° 6, Shion, un jeune garçon, a été reconnu à l'âge de 2 ans comme ayant un QI extrêmement élevé, ce qui lui a permis de vivre dans une zone luxueuse baptisée Chronos. Le jour de son douzième anniversaire, il rencontre un garçon en cavale du nom de Nezumi. Celui-ci vient en réalité de s'échapper de la maison correctionnelle où sont placés tous ceux considérés comme rebuts de la société par la ville et ses autorités. Shion le soigne et l'héberge, mais ce dernier disparaît le lendemain sans laisser de traces. Shion se voit alors privé d'une grande partie de ses privilèges pour complicité de fuite et se retrouve déporté à Lost Town. Quatre ans plus tard, il est victime d'un incident lors duquel il se fait piquer par une abeille parasite et contracte une maladie incurable qui accélère son vieillissement. Cet incident le mènera au secret de N° 6...