Un mal mystérieux touche les eaux nantaises : les poissons meurent par milliers dans une odeur pestilentielle. Intrigués par ce terrible phénomène, Jules et ses fidèles amis décident de mener leur enquête à travers les fonds marins. Ils pourront compter sur le submersible du capitaine Nemo et la nouvelle invention de Jules... le scaphandre.