Alors qu’on pensait que Katô avait trahi N.I.N. pour U.N., on découvre que son véritable objectif est d’éliminer le Kashin Koji, l’éminence grise au sommet de l’organisation.
Pour cela, il essaie de former une alliance entre U.N. et les genin contre leur ennemi commun. Pendant ce temps, Miracle Hibi, qui n’est plus que l’ombre de lui-même, vient informer Jûnirô d’une nouvelle mission. À cette occasion, il révèle des informations pour le moins étonnantes sur N.I.N...